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Il paper presenta HLA-Resolve, un flusso di lavoro innovativo basato su cattura ibrida a lettura lunga e un nuovo algoritmo di tipizzazione che supera i limiti delle tecniche a lettura corta per fornire un genotipizzazione HLA ad alta risoluzione, economica e clinicamente applicabile.
Questo studio dimostra che il metabolismo degli aminoacidi ramificati (BCAA) influenza geneticamente il rischio di diabete di tipo 2 e di coronaropatia in modo indipendente dai tradizionali fattori di rischio come l'obesità e la dislipidemia.
Questo studio dimostra che in una coorte giapponese di anziani, i punteggi di rischio poligenico specifici per la popolazione, derivati da dati genomici giapponesi, sono più fortemente associati al declino cognitivo misurato tramite il MMSE rispetto a quelli basati su dati europei, sottolineando l'importanza di strumenti genetici su misura per la stratificazione del rischio in contesti clinici comunitari.
Questo studio dimostra che l'attività del promotore del gene SLC6A4 modula la vulnerabilità al declino cognitivo e ai sintomi depressivi nella vecchiaia, dove i genotipi a bassa attività sono associati a una maggiore suscettibilità mediata da cambiamenti epigenetici e volumetrici cerebrali, mentre quelli ad alta attività conferiscono resilienza.
Il pacchetto R open-source "faers" offre un framework ad alta fedeltà e scalabile per la sorveglianza farmacovigilanza di precisione, automatizzando la pulizia, la standardizzazione e l'analisi dei dati FAERS per migliorare la rilevazione dei segnali di eventi avversi.
Il paper presenta "Bone2Gene", uno strumento di intelligenza artificiale basato su radiografie delle mani che dimostra la fattibilità di una nuova generazione di fenotipizzazione per la diagnosi e la differenziazione di oltre 45 malattie ossee rare.
Questa revisione sistematica e meta-analisi evidenzia che, sebbene i sistemi di grandi modelli linguistici potenziati da conoscenze esterne mostrino una migliore accuratezza diagnostica per le malattie rare rispetto ai modelli autonomi, le prestazioni variano significativamente in base alla composizione dei benchmark e l'attuale evidenza è compromessa da un elevato rischio di bias e dalla mancanza di validazione clinica prospettica.
Il paper introduce StratGWAS, un framework scalabile che migliora la potenza delle GWAS per malattie complesse eterogenee trasformando i fenotipi per dare maggior peso ai casi con maggiore carico genetico, aumentando così il numero di loci significativi identificati senza compromettere la specificità.
Questo studio identifica un'opportunità terapeutica per oltre 500 geni associati a malattie dominanti e dispensabili, dimostrando come l'indirizzamento specifico di varianti genetiche comuni consenta di sviluppare terapie geniche agnostiche rispetto alla mutazione che potrebbero trattare un numero di pazienti fino a 80 volte superiore rispetto alle strategie tradizionali.
Questo studio integra dati multi-omici per delineare un'architettura genetica condivisa e differenziale tra COVID-19 e altri disturbi respiratori, identificando meccanismi molecolari specifici come le vie di segnalazione dell'interferone e il metabolismo del surfattante che offrono nuovi bersagli per terapie mirate.
Il documento presenta il primo framework agnostico rispetto alla malattia, sviluppato dal Regno Unito tramite la piattaforma UPNAT, per garantire una selezione equa, trasparente e sistematica di pazienti e target per lo sviluppo di terapie antisense nelle malattie rare.
Lo studio dimostra che i sottotipi istologici del carcinoma polmonare adenocarcinoma presentano profili immunitari distinti e che, sebbene i profili mutazionali abbiano scarsa correlazione con l'istologia, l'analisi dei trascritti associati alla sopravvivenza e all'ambiente immunitario offre potenziali strumenti per stratificare i pazienti e guidare i trial clinici.
Questo studio analizza i dati di sequenziamento dell'intero genoma di 490.549 partecipanti del UK Biobank per mappare le associazioni tra varianti rare codificanti e non codificanti e 1.342 fenotipi, identificando oltre 49.000 coppie gene-tratto significative e fornendo una risorsa fondamentale per la scoperta e l'interpretazione funzionale di queste varianti.
Lo studio valida un sistema di punteggio basato sul genotipo per la sindrome di Wolfram, dimostrando che la correlazione tra il tipo e la posizione delle varianti del gene WFS1 e la gravità della malattia permette di prevedere con accuratezza l'età di esordio del diabete e dell'atrofia ottica, offrendo così uno strumento utile per la gestione clinica.
Lo studio dimostra che l'effetto assortativo del mating e il background poligenico contribuiscono in modo significativo alla variabilità espressiva delle varianti di copia rare, spiegando la correlazione positiva osservata tra lo stato di portatore di CNV e il punteggio poligenico.
Questo studio presenta una risorsa completa del metiloma del carcinoma sieroso ad alto grado dell'ovaio, ottenuta dall'analisi longitudinale di 404 campioni, rivelando che i profili epigenetici si stabiliscono precocemente, influenzano la risposta alla chemioterapia attraverso l'ipermetilazione dei promotori e possono essere rilevati tramite biopsia liquida per il monitoraggio della malattia.
Questo studio dimostra che l'implementazione autonoma del sequenziamento dell'esoma intero in Algeria ha fornito diagnosi definitive per disturbi neurosviluppativi in un contesto di alta consanguineità, pur evidenziando la necessità urgente di dataset di riferimento specifici per la popolazione e di quadri etici adattati per superare le limitazioni interpretative legate alla sottorappresentazione dei dati africani.
Questo studio integra dati multi-omici per dimostrare che la relazione tra malattia di Alzheimer e diabete di tipo 2 non è dovuta a un semplice rischio condiviso, ma riflette un'eterogeneità specifica per locus e una pleiotropia antagonista, in cui i meccanismi biologici comuni spesso esercitano effetti opposti sui due disturbi.
Il documento descrive CanVar-UK, una piattaforma web gratuita che supporta l'interpretazione diagnostica collaborativa delle varianti germinali nei geni di suscettibilità al cancro, integrando dati su oltre 1,7 milioni di varianti, punteggi computazionali, frequenze alleliche, studi funzionali e un forum di discussione per facilitare lo scambio di informazioni tra centri diagnostici.
Lo studio dimostra che tra i vari orologi epigenetici testati, DunedinPACE è il biomarcatore più consistente e affidabile per associare l'accelerazione dell'età biologica al declino cognitivo negli anziani, superando le prestazioni di altre generazioni di orologi e della lunghezza dei telomeri.